El Centro tiene un acuerdo especial de colaboración con una institución de excelencia con objetivos similares de producción académica para las políticas públicas en educación, como es el Institute for Research on Educational Policy and Practice (IREPP) de la Universidad de Stanford.
Adicionalmente, cada una de las líneas de investigación del CEPPE tiene vinculaciones académicas con centros de investigación internacionales de primer nivel, entre los que se encuentran:
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